1994

• Apertura de las oficinas  de PBI en Bogotá y Barrancabermeja 
• Asociación de Familiares de Detenidos Desaparecidos (Asfaddes), hasta 2012
• Corporación Regional para la Defensa de los Derechos Humanos (Credhos) 
• Comisión Intercongregacional de Justicia y Paz (Cijp)

1995 

• Colectivo de Abogados José Alvear Restrepo (Ccajar), nivel nacional 
• Organización Femenina Popular (OFP) en Barrancabermeja (hasta 2012)                 
• Comité Regional de Derechos Humanos Sabana de Torres (hasta 1997)

1997/1998

• Apertura de la sede en Turbo para la región de Urabá (traslado de la oficina a Apartadó en 2011)
• Cijp, en Urabá 
• Centro de Investigación y Educación Popular (Cinep) y las Comunidades de Paz de San Francisco de Asís, en Urabá (hasta 2000) 
• Fundación Comité de Solidaridad con los Presos Políticos (Fcspp), en Bogotá
• Asociación para la Promoción Social Alternativa (Minga), en Bogotá y en los departamentos del Putumayo y el Norte de Santander (Catatumbo), hasta 2012

1999

• Apertura de la sede en Medellín (cierre en 2012) 
• Seccional Asfaddes, en Medellín (hasta 2011)
• Instituto Popular de Capacitación (IPC), en Medellín (hasta 2010) 
• Seccional Fcspp Medellín
• Berenice Celeyta, en la ciudad de Cali (hasta 2011, posteriormente PBI acompaña a su organización, la Asociación para la Investigación Social Nomadesc)
• Seccional Asfaddes Barrancabermeja (hasta 2000)
• Comunidad de Paz San José de Apartado, en Urabá

2000

• Comunidad de Autodeterminación Vida y Dignidad (Cavida),  Cacarica, Chocó (hasta 2011) 

2001

• Corporación Jurídica Libertad (CJL), en Medellín

2003 

• Asociación Nacional de Mujeres Campesinas, Negras e Indígenas de Colombia (hasta 2005)

2004

• Fundación Manuel Cepeda Vargas, nivel nacional (hasta 2012)

2005

• José Daniel Álvarez (abogado), nivel nacional (hasta 2013)

2006

• Colectivo de Abogados Luis Carlos Pérez (Ccalcp), en los departamentos de Norte de Santander y Sur de Bolívar 

2007

• Asociación Campesina del Valle del Río Cimitarra (Acvc), en el Magdalena Medio

2009

• Corporación Social para la Asesoría y Capacitación Comunitaria (Cos-pacc), en Casanare y Boyacá 
• Jorge Molano (abogado), nivel nacional

2010

• Claudia Julieta Duque (periodista), nivel nacional

2011

• Apertura de la sede en Cali (cierre en 2012)
• Asociación para la Investigación Social Nomadesc, en el sur-occidente de Colombia
• Comisión Intereclesial de Justicia y Paz, en Valle del Cauca
• Seccional Bucaramanga (Santander) de la Fcspp
• Lilia Peña de la Asociación de Víctimas de Crímenes de Estado en el Magdalena Medio (Asorvimm), hasta 2013