Por ser la capital del país, en Bogotá se abrió el primer equipo de PBI Colombia. Aparte del  importante trabajo político llevado a cabo en esta ciudad por los voluntarios con diferentes entidades nacionales e internacionales, el equipo realiza rondas semanales por las organizaciones acompañadas y viaja con sus miembros durante sus desplazamientos a otras regiones del país. De esa manera, desde el equipo en Bogotá se cubre con presencia puntual regiones como Arauca, Cauca, Valle de Cauca, Tolima, Costa Atlántica y Casanare.

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Barrancabermeja se encuentra situada en el departamento de Santander. La ciudad es conocida como la capital petrolera de la región del Magdalena Medio, por hospedar la sede de ECOPETROL, la principal compañía petrolera de Colombia, con una gran influencia en la zona como punto de desarrollo económico y social. Siendo a la vez la sede de uno de los primeros sindicatos independientes, la Unión Sindical Obera USO, Barrancabermeja se ha convertido en un símbolo de la lucha social y obrera en Colombia.

La región del Magdalena Medio tiene una gran importancia geoestratégica y posee numerosos recursos (oro, petróleo, uranio, entre otros), gran producción de materias primas y biodiversidad y consecuentemente foco de intereses y disputas por todos los actores armados en el marco de la lucha por la tenencia de la tierra y la implantación de megaproyectos económicos que coinciden con estrategias de exterminio y desplazamiento mediante amenazas, secuestros y asesinatos selectivos dirigidos contra las organizaciones sociales y contra la población civil.

La crisis humanitaria y de derechos humanos que vive la ciudad de Barrancabermeja y la región del Magdalena Medio desde hace más de diez años ha hecho necesario que desde el año 1994 PBI mantenga un trabajo constante de acompañamiento a las organizaciones de defensores y defensoras de derechos, que han sido objeto de estrategias de persecución, criminalización y exterminio.

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PBI Colombia llegó a la región del Urabá antioqueño en 1997, a través de una petición de la Comisión Intercongregacional de Justicia y Paz. En este momento, la Comisión trabajaba en Turbo en la asesoría y apoyo a los miles de desplazados que escaparon de los bombardeos y ataques perpetrados por la fuerza pública en la cuenca del río Cacarica, en el departamento del Chocó. Este operativo, conocido como “Operación Génesis", que según documentación del CINEP,  contó también con la colaboración de paramilitares. En 2001, más de 1.500 pobladores, asociados a CAVIDA (Comunidades de Autodeterminación, Vida y Dignidad), regresaron para establecer dos zonas humanitarias – Nueva Esperanza en Dios y Nueva Vida - en la cuenca del río Cacarica. Actualmente, PBI acompaña a la Comisión Intereclesial de Justicia y Paz y a CAVIDA en sus asentamientos.  

El 23 de marzo de 1997, ante las múltiples agresiones perpetradas por los actores armados, unos 500 campesinos de San José de Apartadó decidieron declararse como Comunidad de Paz, en la esperanza de que de esta forma pudiesen evitar nuevos desplazamientos y  agresiones tanto por parte de la guerrilla y paramilitares como de la Fuerza Pública. Desde 1998, PBI también por petición de la ComisiónIntercongregacional de Justicia y Paz, brinda protección al proceso de la Comunidad de Paz de San José de Apartadó.  En el Medio Atrato, PBI acompaña a la Comisión Intereclesial de Justicia y Paz en su trabajo de apoyo a los campesinos desplazados de las cuencas del Jiguamiandó y Curbaradó quienes se organizaron en llamadas “zonas humanitarias.

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Medellín está situada en el noroccidente del país, asentada sobre un valle montañoso denominado Valle de Aburrá. Considerada la segunda ciudad más importante económicamente de Colombia, Medellín se hizo conocida entre los años 80 y 90 como la capital del crimen y del control del narcotráfico. Posteriormente, los habitantes de Medellín también sufrieron las consecuencias de violentos combates entre la fuerza pública, guerrilla y paramilitares, dejando como secuela una mancha de sangre en la historia de la ciudad.

El cuarto equipo del proyecto Colombia nació en respuesta a peticiones de acompañamiento a raíz de un gran período de violencia en los finales de los años 90 contra las organizaciones de derechos humanos en la ciudad de Medellín. En 1997, una bomba explotó en la puerta de la sede de Asfaddes en la ciudad. El 28 de enero de 1999, la banda La Terraza, bajo órdenes del comandante de las AUC Carlos Castaño, entró dentro de las instalaciones del Instituto Popular de Capacitación y secuestró cuatro miembros de la junta directiva de esta organización. Algunos días después, un presunto grupo paramilitar desapareció a dos miembros del Comité de Solidariedad de Presos Políticos-seccional Medellín en el camino entre Bogotá y Medellín. Con el objetivo de evitar nuevos atentados contra estas organizaciones, el proyecto Colombia decidió abrir un nuevo equipo en Medellín en octubre de 1999.

Desde esta ciudad se cubre también algunas zonas como  el Oriente de Antioquia y el municipio de Murindó, en el Chocó.

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